从上世纪80年代开始，我国逐步探索建立矿产资源有偿使用制度，并相继开征了一系列的专门税费。目前，矿产资源开采企业除缴纳一般性普遍征收的企业所得税、增值税、城市建设维护税、教育费附加等税费外，还存在资源税、矿产资源补偿费、矿区使用费、探矿权采矿权使用费、探矿权采矿权价款、石油特别收益金等专门税费，此外各地还有一些资源性收费、基金等项目。对矿产资源开征的这些专门税费的简况如下。
    1．资源税
    资源税是对纳税义务人在我国境内开采应税矿产品或生产盐所课征的一种税。我国的资源税开征于1984年，当年9月，国务院发布《中华人民共和国资源税条例（草案）》，对开采原油、天然气和煤炭的企业开征资源税，税基为企业销售利润率超过12%的利润部分，实行超率累进征收，这表明资源税制建立之初是以调节级差收益为目的的。
    资源税自1984年开征后，先后在1986年和1994年进行了两次大的改革，由此形成现行资源税制。改革后的资源税体现了“普遍征收、级差调节”的原则，征税范围扩大到原油、天然气、煤炭、黑色金属矿原矿、有色金属矿原矿、其他非金属矿原矿和盐等7个税目大类。在计征方式上实行从量定额征税的办法，考虑资源条件的优劣对不同资源确定了幅度的单位税额。
    随着经济形势的变化，从2004年开始，又陆续调整了煤炭、原油、天然气、锰矿石等资源的税额标准。2010年5月，中共中央、国务院决定，在新疆率先进行资源税费改革，将原油、天然气资源税由从量计征改为从价计征。据此，财政部、国家税务总局发布《新疆原油、天然气资源税改革若干问题的规定》，自2010年6月1日起，对在新疆开采原油、天然气缴纳资源税实行从价计征，税率为5%。
    现行的分税制财政体制规定，资源税为中央与地方共享税收，其中，海洋石油资源税为中央收入，其余资源税为地方收入。
    2．矿产资源补偿费
    矿产资源补偿费由国家向开采矿产资源的单位和个人课征，是我国矿产资源有偿使用的形式之一。现行的矿产资源补偿费根据1994年国务院颁布的《矿产资源补偿费征收管理规定》开始征收，开征目的是保障和促进矿产资源的勘查、合理开发和保护，维护国家对矿产资源的财产权益。矿产资源补偿费实行从价计征的方式，按照矿产品销售收入的一定比例计征，费率为0.5%～4%。
    按照《矿产资源补偿费征收管理规定》，矿产资源补偿费是中央和地方共享收入，其中，中央与省、直辖市的分成比例为5：5；中央与自治区的分成比例为4：6。
    3．矿区使用费
    矿区使用费是我国最早设立的矿产资源税费。在1982年国务院发布的《中华人民共和国对外合作开采海洋石油资源条例》中规定：“参与合作开采海洋石油资源的中国企业、外国企业，都应当依法纳税，缴纳矿区使用费。”此后，财政部分别于1989年和1990年发布了《开采海洋石油资源缴纳矿区使用费的规定》和《中外合作开采陆上石油资源缴纳矿区使用费暂行规定》，对开采海洋石油的中外企业和中外合作开采陆上石油的企业征收矿区使用费。矿区使用费的计征方法与资源税和矿产资源补偿费不同，按照每个油、气田日历年度原油或天然气总产量，对超过起征点的部分实行超额累进征收，费率为1%～12.5%。
    已经缴纳矿区使用费的企业，不再缴纳矿产资源补偿费，并且暂不征收资源税。
    按现行规定，矿区使用费属于中央财政收入。
    4．探矿权、采矿权使用费
    1996年修改的《矿产资源法》中确定了矿产资源探矿权、采矿权有偿取得的制度，随后国务院相继出台了《矿产资源勘查区块登记管理办法》和《矿产资源开采登记管理办法》，对探矿权、采矿权使用费做出明确规定。根据《矿产资源勘查区块登记管理办法》第十二条：“国家实行探矿权有偿取得的制度。探矿权使用费以勘查年度计算，逐年缴纳。探矿权使用费标准：第一个勘查年度至第三个勘查年度，每平方公里每年缴纳100元；从第四个勘查年度起，每平方公里每年增加100元，但是最高不得超过每平方公里每年500元。”《矿产资源开采登记管理办法》第九条：“国家实行采矿权有偿取得的制度。采矿权使用费，按照矿区范围的面积逐年缴纳，标准为每平方公里每年1000元。”
    按财政部和国土资源部发布的《探矿权采矿权使用费和价款管理办法》规定，探矿权采矿权使用费分别归属中央和省级财政。其中，属于国务院地质矿产主管部门登记管理范围的探矿权采矿权，其使用费由国务院地质矿产主管部门登记机关收取，缴入中央国库；属于省级地质矿产主管部门登记管理范围的探矿权采矿权，其使用费由省级地质矿产主管部门登记机关收取，缴入省级国库。
    5．探矿权采矿权价款
    除探矿权采矿权使用费外，我国矿产资源有偿取得制度中还规定了探矿权采矿权价款。《矿产资源勘查区块登记管理办法》第十三条规定，“申请国家出资勘查并已经探明矿产地的区块的探矿权的，探矿权申请人除缴纳探矿权使用费外，还应当缴纳经评估确认的国家出资勘查形成的探矿权价款。”《矿产资源开采登记管理办法》第十条规定：“申请国家出资勘查并已经探明矿产地的采矿权的，采矿权申请人除缴纳采矿权使用费外，还应当缴纳经评估确认的国家出资勘查形成的采矿权价款。”
    探矿权采矿权价款收入由中央和地方共享。2006年，财政部、国土资源部、中国人民银行发布《关于探矿权采矿权价款收入管理有关事项的通知》，明确划分了探矿权采矿权价款收入中央与地方的分成比例，其中20％归中央所有，80％归地方所有。省、市、县分成比例由省级人民政府根据实际情况自行确定。
    6．石油特别收益金
    石油特别收益金是对石油开采企业销售国产原油因价格超过一定水平所获得的超额收入按比例征收的收益金。2006年3月25日，财政部印发《石油特别收益金征收管理办法》，自2006年3月26日起执行。石油特别收益金征收比率按石油开采企业销售原油的月加权平均价格确定，起征点为40美元/桶。实行5级超额累进从价定率计征，征收率最低20%，最高40%。石油特别收益金属中央财政非税收入，纳入中央财政预算管理。
    在征收石油特别收益金的同时，针对中国石油、中国石化、中国海洋石油等三大石油石化企业为保证国内成品油的稳定供应和维持成品油价格相对平稳，因政策性因素导致的炼油业务亏损和成品油进口亏损，国家出台了财政补贴政策，在2005
    2008年间给予了三家企业上千亿元的财政补贴。在2008年底我国进行成品油价格(破解油价困境)形成机制改革后，企业已经不再出现政策性亏损，此项补贴政策也已相应地取消。
    7．其他收费项目
    除上述税费外，矿业企业还要缴纳矿产资源勘查登记费、采矿登记费等中央部门行政性收费，以及各地设立的行政事业性收费和基金项目，如水资源费、土地复垦费、防止水土流失费、森林植被恢复费、育林基金、林业建设基金、排污费、价格调节基金等等。
    为推进矿区的可持续发展，2006年山西省被列为全国唯一的煤炭工业可持续发展试点省，于2007年3月1日，该省全面启动煤炭工业可持续发展政策试点工作，对煤炭生产企业征收煤炭可持续发展基金，同时煤炭企业按规定提取矿山环境治理恢复保证金和煤矿转产发展资金。
    （二）我国现行矿产资源税费制度存在的问题
    总体来看，我国现行矿产资源税费制度还很不完善，对矿产资源活动的特殊性考虑不足，尚不能很好发挥其应有的作用。现行税费制度既无法实现政府有效分享资源租金收入的目的，也未能有效地为投资者创造公平的竞争环境和有效地激励矿业企业行为，促进资源合理、长效、保护性开采，甚至在客观上助长了矿业企业“吃肥丢瘦、采厚弃薄”的掠夺性开采行为。
    矿产资源有偿取得制度改革推进缓慢，无偿取得制度下，国家和企业双方的财产权利均得不到充足保障，导致国家财产权益无法实现，也刺激了企业的短期行为。
    目前我国在矿业权配置上，还存在着事实上的有偿取得与无偿取得、行政手段出让与市场手段出让的“双轨制”。矿产资源有偿取得制度市场化改革进程缓慢，至少造成了两方面的后果。
    第一，与国外普遍征收的红利相比，我国的矿业权有偿取得制度在维护国家财产权益上力度明显偏弱。
    我国的价款只对国家出资勘查形成的探矿权和采矿权征收，也就是说价款只被认为是国家地质勘查投资的回报，而与矿产资源的原始价值无关。然而事实上，矿业企业取得矿业权后，即有权开采属于国家所有的矿产资源并出售获利，这意味着国家不仅转让了勘查投资收益，而且让渡了矿产资源所有权的部分权益。从价款的决定因素来看，矿产资源的储量、等级、开采难易程度等因素固然很重要，但矿产经济价值的大小、未来价格变化预期等也是不容忽视的因素。因此，价款本身就内含了矿产资源所有者权益的属性。
    为了在矿业权出让阶段实现国家的财产收益最大化，最有效的办法是通过招标、拍卖、挂牌出让等市场化手段来确定价款。而我国现行的做法中，对非国家出资勘查形成的矿业权不收取矿业权价款，对国家出资勘查形成的矿业权以申请和协议方式出让容易导致矿业权价款被低估。传统观念的束缚和矿业权市场配置化改革的滞后，导致国家对矿产资源的所有者权益得不到充分的补偿。
    第二，无偿取得制度下矿产资源的产权不清晰，这是一直以来我国矿产资源开采中回采率低下的主要原因。
    矿产资源的产权不明晰与无偿取得制度紧密相关。市场是最有效的资源配置手段，通过市场配置手段，矿产资源的价值可得到真实的体现，在此基础上进行的产权交易公平、合理，产权归属最为清晰。而在无偿取得制度下，企业可以无偿或者缴纳极低的费用后获得采矿权，开采后只需就其开采数量或销售收入缴纳少量的资源税和矿产资源补偿费。于是在这种制度安排下，矿产资源在很大程度上变成了“捷足先登者资源”。由于采矿权可以无偿或低价取得，其产权并不完备，受法律保护的程度也较差，企业没有进行长期合理开发的动力，相反为了在短期内实现最大利润，不惜进行掠夺性开采，择肥而噬，采富弃贫，“吃白菜心丢白菜帮”，导致我国矿产资源开采中的回采率长期徘徊在低位，自然资源在开采过程中被严重浪费。
    探矿权采矿权使用费标准过低，远不足以实现其应有目的。目前，探矿权采矿权使用费的主要缺陷在于征收标准过低，不管是每年100元的探矿权使用费，还是每年1000元的采矿权使用费，显然都不足以对企业占有土地的行为起到足够的制约作用，导致众多企业跑马圈地、抢占地皮，不利于矿产资源的合理开发利用。
    现行资源税费标准过低，使国家对矿产资源经济租金的分享比例过低，无法调节绝对租金。现行资源税仅仅实行从量计征的征收方式且税额偏低，与此形成鲜明对比的则是，随着矿产资源价格的大幅度上涨，当前矿产资源开采行业的利润额在不断上升，大量的经济租金落入企业手中，现行资源税费制度对绝对租金的调节机制能起的作用已经变得微乎其微。
    现行矿产资源税费制度调节级差收益功能很弱。现行矿产资源税费制度中，具有级差收益调节功能的主要是资源税和特别收益金，但受其制度自身缺陷的约束，它们（特别是前者）所能发挥的作用仍十分有限。
    除资源税外，我国在2006年对石油开采企业开征了石油特别收益金，当年即取得收入372亿元，对调节石油行业的超额利润取得了很明显的成效。特别收益金类似于资源租金税，对调节级差收益有着很重要的作用，在征管上也十分简便，但是这一手段的使用仍有其局限性。首先，目前特别收益金只对石油开采企业开征，对其他一些价格暴涨的矿产资源产品则欠缺相应调节措施，导致部分企业坐享巨额租金。其次，特别收益金是一种相对粗糙的租金攫取工具，它的调节机制只跟资源价格有关，而没有考虑到不同企业的勘查开发和经营成本是不同的，这也会导致其调节级差收益的效果打折扣。
    现行企业所得税对企业从事高风险高投入的矿业活动激励不够。由于矿业活动的高风险性和高资本投入性，为了刺激投资者的积极性，各国一般在企业所得税中制定多种多样的特殊优惠政策。前已论及，这些政策主要体现在前期优惠措施方面，如对勘查与开发费用的特殊处理、加速折旧、延长亏损向前结转年限等等。与此相比，我国在企业所得税上并没有对矿业企业的特殊情况加以考虑，矿业企业适用的企业所得税制与其他类型的企业并无差别，这无法实行有针对性地降低矿业企业所得税负担的必要调节，不利于矿业发展。
    现行矿产资源税费制度对企业进行矿产勘查的激励不足。由于矿产勘查的高成本和高风险，为了激励矿业企业进行矿产勘查投资，各国一般都要制定一系列行之有效的激励政策。我国现有的矿业制度，包括矿产资源税费制度，却没有针对矿产勘查活动的高风险给予充分激励，这是我国商业性矿产勘查不足的一个重要原因。