到2020年，沿海港口基本形成集装箱、煤炭、铁矿石、石油、粮食和对台滚装六大运输系统，基本形成现代化海西港口群。日前，福建省政府出台《关于加快发展港口群促进“三群”联动的若干意见》（简称《意见》），明确了福建省港口发展目标。
根据《意见》，福建省将进一步发挥港口群的内拓外扩作用，促进港口群与产业群、城市群联动发展，重点突出厦门东南国际航运中心和福州江阴汽车整车进口规划布局，优化开发福州马尾、泉州后渚等老港区，推进福州江阴、宁德环三都澳等临港新城建设。力争到2015年，全省港口吞吐量达5.5亿吨、集装箱1500万标箱；到2020年，沿海港口深水泊位超230个，吞吐能力达8.3亿吨、集装箱2500万标箱。
《意见》鼓励省内大型港口企业在省外布局陆地港，对陆地港进出口货物在出口监管仓库、保税仓库内进行简单加工和增值服务的，予以税收优惠；对入驻陆地港符合条件的物流企业，优先推荐列入国家税收试点物流企业名单，享受相关税收优惠政策。自今年起五年内，对进出福建港口的货物港务费降低10%征收，对省内陆地港的集装箱和中西部省份经福建港口进出的货物免收货物港务费。
《意见》明确，每年省级财政要安排三亿元，用于重点岸线收储开发及公共航道、防波堤等建设，对重点港区的港口项目，免征岸线使用费。
