《意见》主要内容包括五方面：科学调控煤炭总量，遏制煤炭产量无序增长；严格清理各种不合理涉煤收费，加快资源税改革，切实减轻煤炭企业税费负担；优化煤炭进出口结构，加强煤炭进出口环节管理；进一步加强企业内部管理，提高煤炭企业生产经营水平；调动各方面力量，营造煤炭企业良好发展环境。
对于煤炭企业反映强烈的涉煤税费负担较重问题，《意见》要求，2013年年底前，财政部、发展改革委要对重点产煤省份煤炭行业收费情况进行集中清理整顿，坚决取缔各种乱收费、乱集资、乱摊派，切实减轻煤炭企业负担；同时加快推进煤炭资源税从价计征改革。据了解，有关部门将按照国务院要求，抓紧组织落实有关工作，并向国务院作出汇报。
国家发改委、国家能源局有关负责人表示，既要切实帮助企业解决生存发展问题，又要健全优胜劣汰市场化退出机制；既要加强对行业发展的引导，又要减少不必要的行政干预。《意见》要求，要解决老矿区、老企业历史遗留问题。原国有重点煤矿承担的社会职能中，已分离转移至地方的学校、公安等机构的运转费用，按照相关政策规定纳入地方财政预算；尚未分离的其他办社会职能，采取有效措施加快移交。《意见》明确提出，要建立完善退出机制，对资不抵债、亏损严重且扭亏无望的煤矿，要依法及时关闭破产。此外，地方各级政府及其有关部门要及时调整完善企业考核机制，积极促进全国煤炭市场正常流通。
